整篇文章都好重要。
隱蔽種（cryptic species）並沒有一個通用的定義，雖然主要著重在遺傳高度分化但形態上難以區分的支系。種化是一個動態過程，因此不同的隱蔽種也應該在遺傳和形態這兩個維度上有不同程度的變化，但偵測隱蔽種的方法和隱蔽種形成的機制仍在爭議中。
種化在分化（divergence）和融合（cohesion；但我感覺用fusion比較好）兩股相反的力量中推拉，但傳統的建樹模型，如multispecies coalescent，預設種化之後物種之間沒有基因交流，若admixed lineages一起納入分析可能違背這個假設，導致admixed lineages被放置在樹的早期分化的位置，即artificial branch effect；另一方面，基因交流也可能導致種內的遺傳距離大於種間，這個現象稱作species-definition anomaly zone。隱蔽種的數量就因此可能被錯估。
婆羅洲的大頭蛙Limnonectes kuhlii複合群，基於粒線體基因的分析，被認為有很高的隱蔽多樣性。作者集合了各種不同來源、類型的基因，其中特別針對以下四種來源的基因進行分析（因為取得的基因數較多）：
(1) AHE: anchored hybrid enrichment
(2) BUSCOs: benchmarking universal single copy orthologs
(3) FrogCap: custom-designed probe set for frogs
(4) UCEs: ultraconserved elements
作者評估了不同分析方法（quartet-based、sequence-based、site-based）、基因來源（AHE、BUSCOs、FrogCap、UCEs）和數據類型（sequences、SNPs）對於偵測基因交流的能力，結果發現：
(1) Quartet-based NANUQ能偵測到AHE、BUSCOs和FrogCap呈現的基因交流，但UCEs不能；
(2) Site-based ABBA-BABA使用SNP資料，可以偵測到以上四種基因來源呈現的基因交流，但缺點是無法辨別是古代還是近代發生的基因交流；
(3) Sequence-based BPP能從BUSCOs和FrogCap中偵測到基因交流，但AHE和UCEs不能；
(4) UCEs很適合用來重建演化時間較久的phylogeny，尤其是gene tree discordance程度很低的時候；但是很不適合偵測近代的族群史，如進行中的基因交流。
由上結果和討論可得知，僅用一種來源的遺傳標記和分析方法，想要重建完整的種化歷史是不太切實際的。Limnonectes kuhlii複合群呈現了種化連續過程中的各個階段，有初期分化的支系、有處於speciation gray zone的支系、也有最終形態與遺傳都已形成差異的支系。包含外群，物種界定分析支持Limnonectes kuhlii複合群有七個物種，作者提出隱蔽種形成的機制可以源於頻繁的基因交流，即The gene flow hypothesis：古代和近代的基因交流導致了物種間形態的高度相似性。最後本研究點出，廣泛使用、基於guide tree和divergence threshold的分析方法，若是忽略基因交流，可能無法正確的估計隱蔽種的多樣性。
